Với phương pháp này cho phép hiểu được nguồn gốc, bản chất của ý thức tôn giáo và tôn giáo nói chung. Qua đó, có thể thấy được vai trò của tôn giáo đối với sự phát triển của lịch sử xã hội.

Việc sử dụng phương pháp này giúp hiểu được sự ra đời của tôn giáo và lịch sử tôn giáo; hiểu được vai trò, sự tồn tại của tôn giáo trong mỗi giai đoạn lịch sử nhất định; qua đó có những đánh giá khách quan, khoa học về hiện tượng tôn giáo,...

Với phương pháp này đòi hỏi phải nghiên cứu tôn giáo trong tính chỉnh thể, tính hệ thống. Trong cái chỉnh thể hay hệ thống tôn giáo lại được kết cấu bởi các bộ phận, mỗi một bộ phận có chức năng hay vai trò riêng của nó. Do vậy, khi nghiên cứu về tôn giáo cần phải xem xét tới mỗi một bộ phận của nó, đồng thời phải xem xét tới mối liên hệ giữa các bộ phận của chỉnh thể tôn giáo, cũng như mối liên hệ giữa hệ thống tôn giáo với các hệ thống khác. Việc dùng phương pháp cấu trúc chức năng cũng giúp chúng ta thấy được vị trí của mỗi loại chức năng (chủ yếu, đặc thù,...) của tôn giáo.

Tôn giáo là sản phẩm tất yếu của lịch sử xã hội, nó ra đời, tồn tại trong những giai đoạn nhất định của lịch sử. Sự ra đời tôn giáo là nhằm đáp ứng nhu cầu cần có tín ngưỡng tôn giáo hay nhu cầu đền bù (bù đắp) hư ảo của con người. Việc xem xét nhu cầu tín ngưỡng tôn giáo cũng chính là xem xét sự ra đời, tồn tại của tôn giáo trong mối quan hệ với hoạt động và lợi ích của con người. Qua đó, có thể thấy được loại hoạt động nào, với đặc trưng gì của hoạt động ấy đã dẫn tới sự xuất hiện nhu cầu tín ngưỡng tôn giáo và con người cần đến tôn giáo nhằm lợi ích gì. Cuộc sống con người bao giờ cũng có cả một hệ thống những nhu cầu với sự vận động phức tạp, nhu cầu tín ngưỡng tôn giáo trong hệ thống những nhu cầu đó là rất quan trọng và cần thiết.

Đây là một phương pháp hết sức quan trọng của việc tiếp cận tôn giáo. Về mặt triết học, tất nhiên ở đây là triết học biện chứng duy vật đã chỉ ra rằng, thế giới quan tôn giáo là thế giới quan hoang đường, hư ảo của con người. Song vì sao thế giới quan hoang đường, hư ảo ấy của hiện tượng tôn giáo lại có vai trò, có sự tác động hết sức phức tạp đến đời sống xã hội, điều này không thể lý giải được một cách đầy đủ nếu như không có sự tiếp cận tôn giáo về mặt xã hội học. Có thể nói xem xét tôn giáo về mặt triết học là sự nghiên cứu về thế giới quan và mặt nhận thức luận, còn nghiên cứu tôn giáo về mặt xã hội học là nghiên cứu về mặt bản thể luận (cái bản thể ở đây được hiểu là sự tồn tại hiện hữu của hiện tượng tôn giáo với những chức năng xã hội của nó). Như vậy có thể nói, sự thống nhất trong việc nghiên cứu tôn giáo về mặt triết học và mặt xã hội học đó là sự thống nhất của việc nghiên cứu tôn giáo về mặt thế giới quan, nhận thức luận và bản thể luận. Đây là một yêu cầu quan trọng của nhận thức luận duy vật khoa học.

Ngoài các phương pháp nghiên cứu tôn giáo trên, tôn giáo học còn sử dụng các phương pháp khác như: phương pháp logic và lịch sử, phương pháp nhân quả...